等到贺发从容收拾了甘肃东、南各镇，移兵甘陕边境的时候，就连胤禛本人也对局面失望了。这个时候，胤禛不善军务的老底子就露了出来，他根本不知道，贺发其实也是强弩之末了。要知道，甘肃各镇过去几年里互相攻伐，彼此素有矛盾，贺发根本不能轻易的将其捏成一个拳头。而且甘肃的内战几乎把甘肃打成了白地，刚刚结束的战事也破坏了仅有的夏收。因此，事实上，只要胤禛咬紧牙关，再坚持一年是不成问题的。

然而慌乱的胤禛终于想起了康熙对他“全师”的要求。在匆匆忙忙之间，胤禛一面下达了各部次第撤过黄河进入山西的命令，一面又再次下达了屠杀的命令，但这一次胤禛的命令遭到席哈纳和华显的一致反对。

席哈纳和华显都是正经八百的满人，自是不会对被屠杀的汉民有什么同情，他们之所以反对胤禛的屠杀令是有很正当的原因的——由于胤禩在山西搞得太过了，因此山西连续两年因为劳动力缺乏造成大面积欠种欠收，进而影响了清廷的财税收入。

虽然通过迁移河南百姓，晋南人口有了一定的回升，但更多的地方却还是缺乏足够的生产者。所以，负责善后的胤禩与负责迁移陕民的胤祉在这个问题上一拍即合，两个阿哥的力量相加，明显强过了胤禛一人。正是因为如此，席哈纳和华显才有了对抗胤禛命令的底气。

遭到地方抵*制的胤禛二百五的脾气又上来了，他不管不顾的命令他能切实掌握的赵弘夑部回师执行屠杀令。结果匆匆忙忙回师的西安镇被榆林、延安两镇派遣的追兵衔尾追杀了三十里，所部溃散一空，只剩下赵弘燮本人狼狈不堪的逃回了西安城。

形势愈发的恶劣起来，在此情况下，胤禛只得放弃杀戮陕民的命令，改以各部强掳各府县的百姓东渡黄河。可已经奉命撤过黄河的各部是怎么也不可能重回死地来执行胤禛命令的，而那些执行命令的绿营，在完成押解任务之后，也一去不返。

就这样，到了康熙四十五年九月初，陕西境内的绿营仅剩下驻防潼关的凤翔镇左协和陕西提标计五千人、驻防凤翔的四川督标和陕西抚标计六千人以及驻防西安城的陕甘督标和西安军标计五千人在内的万五兵马，由于兵力大大下降，秦岭北口的各县也已经完全弃守。

九月十一日，胤禛命令西安军标接替凤翔镇左协守备潼关，然而军标内部分下级军官不愿意充当殿军、替死鬼，所以发生哗变，乱军在西安城里大肆抢杀烧掠。虽然最后被陕甘督标及部分忠于清廷的军标兵丁共同平定，但引发的大火却几乎把整个西安城焚烧殆尽，好在城内的大部分居民已经被清军强行掠往山西，才没有不幸成为祝融的贡品。只是经此一变，清军已经无法在陕西继续逗留了。

九月十六日，发现潼关清军情况有异的夏军河南行营，小心翼翼的派出小股部队向潼关前进，结果兵不血刃的夺取了这座雄关。河南夏军随即如潮水般涌入陕西境内，并在满怀复仇之心的幸存陕民的指引下对清军殿后各部实施追击。

九月十七日，河南夏军在同州与毫无斗志的清军陕西提标、甘陕督标等部会战，清军几乎一触即溃，夏军一路追杀到黄河渡口，缴获如红夷炮之类大宗来不及撤走的军械军资，并解救陕民万人，只是胤禛、席哈纳、华显以下已经事先渡过黄河，所以未尽全功。

九月十九日，得知夏军开进潼关、清军已经悉数逃往山西的消息之后，刚刚大胜赵弘燮的榆林、延安两镇主动向夏军投诚，至此陕西全境光复。

十月十五日，得知甘陕规复消息的华夏朝廷下令以西安府、同州府、汉中府、兴安府、凤翔府、商州直隶州、乾州直隶州、邠州直隶州之地设立陕（县以）西等处地方；以兰州府静宁州省入固原直隶州，以化平川直隶厅省入平凉府，以泾州（泾川）直隶州省入庆阳府，又以庆阳府、平凉府、宁夏府、榆林府、延安府、绥德直隶州、鄜州直隶州、固原直隶州之地设朔方等处地方；升秦州、阶州、河州为直隶州，降徽州为徽县、与原属两当县归隶秦州，以兰州府、西宁府、巩昌府、甘州府、凉州府、肃州府、秦州直隶州、河州直隶州、阶州直隶州之地设立陇（县以）西等处地方；上述三省首府分别在西安、庆阳和兰州。

武成八年十月二十七日，华夏朝廷又宣布在西宁设立青海宣抚使，在宁夏设立河套宣抚使，借此对厄鲁特、鄂尔多斯等蒙古部族开展招抚工作。同日，华夏朝枢密院调动骠骑军第二、第三师进入宁夏，铁骑军第二师进入西宁，以便在招抚不成的情况下，用武力征服或亲附清廷或依靠准格尔的蒙古各族。

转任陇东总兵的贺发也受命以正在改编的新附军两师北上甘凉，以彻底统一甘肃。